Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku wspólnego o wydanie interpretacji indywidualnej

10 czerwca 2026 r. wpłynął Państwa wniosek wspólny z 9 czerwca 2026 r. o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej podatku od towarów i usług w zakresie sposobu ustalenia podstawy opodatkowania VAT planowanej sprzedaży Nieruchomości, sposobu udokumentowania transakcji oraz prawa Nabywcy do odliczenia VAT naliczonego z faktury wystawionej przez Sprzedającego.

Treść wniosku jest następująca:

Zainteresowani, którzy wystąpili z wnioskiem:

1. Zainteresowany będący stroną postępowania: ... („Nabywca” lub „Najemca”) ul. ...,NIP: ...

2. Zainteresowany niebędący stroną postępowania:... („Sprzedający” lub „Wynajmujący”) ul. ...NIP: ...

Opis zdarzenia przyszłego

1. Informacje o Wnioskodawcach

Nabywca jest czynnym podatnikiem VAT zarejestrowanym w Polsce. Posiada w Polsce siedzibę i miejsce prowadzenia działalności gospodarczej. Przedmiotem działalności Nabywcy jest w szczególności produkcja opakowań z tworzyw sztucznych, produkcja wyrobów z gumy, produkcja opakowań z metali oraz produkcja pozostałych gotowych wyrobów metalowych.

Sprzedający jest również czynnym podatnikiem VAT zarejestrowanym w Polsce. Posiada w Polsce siedzibę i miejsce prowadzenia działalności gospodarczej. Zgodnie z informacjami ujawnionymi w Krajowym Rejestrze Sądowym, przedmiotem działalności Sprzedającego jest m.in. produkcja metalowych wyrobów gotowych, produkcja wyrobów gumowych i z tworzyw sztucznych, produkcja wyrobów chemicznych, handel hurtowy i detaliczny oraz obsługa nieruchomości.

Wnioskodawcy nie są podmiotami powiązanymi w rozumieniu przepisów o podatkach dochodowych.

2. Przedmiot planowanej transakcji

Sprzedający jest właścicielem nieruchomości położonych w miejscowości .... Przedmiotem planowanej sprzedaży będą składniki majątku Sprzedającego obejmujące:

1. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 1, obręb ewidencyjny ..., dla której Sąd Rejonowy w ..., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr .... (dalej: "Działka 1");

2. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 2, obręb ewidencyjny ..., dla której Sąd Rejonowy w ..., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr .... (dalej: "Działka 2");

3. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 3, obręb ewidencyjny ...., dla której Sąd Rejonowy w ..., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr .... (dalej: "Działka 3").

Działka 1, Działka 2 i Działka 3 są dalej łącznie określane jako "Nieruchomość" albo "Nieruchomości". Łączna powierzchnia działek wynosi ... m2. Zgodnie z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego zatwierdzonym uchwałą Rady Miejskiej ... z ... r., Nieruchomości położone są na obszarze oznaczonym jako teren usług, składów i magazynów (symbol 5P1). Nieruchomości nie są nieruchomościami rolnymi i nie są oraz nie będą wykorzystywane na cele rolne.

3. Naniesienia, Obiekty Nowopowstałe i Obiekty Modernizowane

Na Nieruchomościach znajdują się naniesienia stanowiące budynki, budowle albo urządzenia budowlane w rozumieniu Prawa budowlanego. Dla potrzeb niniejszego wniosku istotne są w szczególności następujące naniesienia:

Działka	Naniesienie	Charakterystyka
1	Budynek produkcyjno- magazynowy z aneksami biurowo- socjalnymi (dalej: "Budynek")	Budynek w rozumieniu Prawa budowlanego. Pierwsze zajęcie/używanie: 1 czerwca 2005 r. Budynek był modernizowany przez Nabywcę.
1	Przyłącze gazowe	Urządzenie budowlane związane z Budynkiem. Pierwsze zajęcie/używanie: 20 grudnia 2005 r.
1	Zbiornik do instalacji tryskaczowej	Budowla w rozumieniu Prawa budowlanego. Obiekt w całości wzniesiony przez Nabywcę i przyjęty do używania 1 grudnia 2024 r. Element Obiektów Nowopowstałych.
1	Instalacja tryskaczowa	Urządzenie budowlane. Obiekt w całości wzniesiony przez Nabywcę i przyjęty do używania 1 grudnia 2024 r. Element Obiektów Nowopowstałych.
2	Parking	Urządzenie budowlane. Pierwsze zajęcie/używanie: 1 stycznia 2014 r. Parking był modernizowany przez Nabywcę.
3	Droga dojazdowa	Urządzenie budowlane. Pierwsze zajęcie/używanie: 1 czerwca 2005 r.

Zbiornik do instalacji tryskaczowej oraz instalacja tryskaczowa są dalej łącznie określane jako "Obiekty Nowopowstałe". Obiekty Nowopowstałe zostały w całości wzniesione przez Nabywcę jako dotychczasowego najemcę Nieruchomości. Nakłady poniesione przez Nabywcę na wzniesienie Obiektów Nowopowstałych nie zostały zwrócone Nabywcy przez Sprzedającego przed planowaną transakcją.

Budynek oraz parking są dalej łącznie określane jako "Obiekty Modernizowane". W ciągu dwóch lat poprzedzających planowaną sprzedaż Nabywca ponosił nakłady modernizacyjne na Obiekty Modernizowane. W przypadku Budynku łączna wartość nakładów modernizacyjnych poniesionych przez Nabywcę wyniosła ... PLN, natomiast w przypadku parkingu - ...PLN. Nakłady te nie zostały zwrócone Nabywcy przed planowaną transakcją.

4. Dotychczasowe interpretacje indywidualne

Wnioskodawcy złożyli uprzednio wniosek wspólny o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczący planowanej transakcji. W odpowiedzi Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał 7 kwietnia 2026 r. następujące interpretacje indywidualne:

1. interpretację w zakresie podatku od towarów i usług, znak: 0111-KDIB3-2.4012.982.2025.3.AR (dalej: "Interpretacja VAT");

2. interpretację w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, znak: 0111-KDIB2-2.4014.435.2025.4.PB (dalej: "Interpretacja PCC").

W Interpretacji VAT organ potwierdził, że dostawa Nieruchomości nie będzie stanowiła transakcji zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a zatem będzie pozostawała w zakresie VAT. Organ wskazał również, że w zakresie Działki 1 przedmiotem opodatkowania planowanej sprzedaży będzie prawo własności gruntu wraz z Budynkiem oraz urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem, z wyłączeniem Obiektów Nowopowstałych.

W odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych organ uznał, że nie będą one przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, ponieważ Nabywca dysponuje tymi obiektami jak właściciel już przed zawarciem Umowy Sprzedaży.

Organ wskazał ponadto, że dostawa Budynku wraz z urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem będzie korzystała ze zwolnienia od VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, przy czym Strony mogą zrezygnować z tego zwolnienia po spełnieniu warunków z art. 43 ust. 10 i ust. 11 ustawy o VAT. Organ uznał także, że Działki 2 i 3 należy dla celów VAT traktować jako grunty niezabudowane stanowiące tereny budowlane, a ich dostawa nie będzie korzystała ze zwolnienia od VAT i będzie opodatkowana VAT według właściwej stawki.

W Interpretacji VAT organ potwierdził również, że w zakresie, w jakim dostawa Nieruchomości będzie faktycznie opodatkowana VAT i nie będzie korzystała ze zwolnienia, po otrzymaniu prawidłowo wystawionej faktury dokumentującej tę dostawę Nabywcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na zasadach ogólnych. Jednocześnie organ uznał, że rozliczenie nakładów poniesionych przez Nabywcę na Nieruchomość w drodze potrącenia wierzytelności nie będzie stanowiło odpłatnej dostawy towarów ani odpłatnego świadczenia usług w rozumieniu ustawy o VAT.

W Interpretacji PCC organ wskazał, że transakcja sprzedaży Nieruchomości, z wyłączeniem Obiektów Nowopowstałych, będzie w zakresie faktycznie opodatkowanym VAT wyłączona z opodatkowania PCC. Natomiast w odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych organ wskazał, że skoro nie będą one przedmiotem dostawy w rozumieniu ustawy o VAT, a będą przedmiotem transakcji w ujęciu cywilnoprawnym, to sprzedaż tych Obiektów będzie podlegała PCC.

Niniejszy wniosek nie zmierza do zmiany ani ponownej oceny powyższych rozstrzygnięć. Wnioskodawcy przyjmują konkluzje wynikające z Interpretacji VAT i Interpretacji PCC jako element opisu zdarzenia przyszłego. Wniosek dotyczy kwestii, która nie została wprost przesądzona w dotychczasowych interpretacjach, tj. sposobu określenia podstawy opodatkowania VAT planowanej sprzedaży Nieruchomości.

5. Planowany model rozliczenia ceny i nakładów

Strony zamierzają zawrzeć umowę sprzedaży Nieruchomości (dalej: "Umowa Sprzedaży"). Przed dniem podpisania Umowy Sprzedaży albo w akcie notarialnym dokumentującym Umowę Sprzedaży Strony złożą zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania VAT w zakresie, w jakim dostawa Działki 1 wraz z Budynkiem i urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem korzystałaby ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT.

Strony planują ustalić cenę sprzedaży Nieruchomości w taki sposób, aby w Umowie Sprzedaży albo w załączniku do tej umowy wyodrębnić wartość Obiektów Nowopowstałych. Wyodrębnienie to będzie odzwierciedlać fakt, że w świetle Interpretacji VAT Obiekty Nowopowstałe nie będą przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, lecz będą objęte transakcją wyłącznie w ujęciu cywilnoprawnym jako części składowe gruntu. Wartości liczbowe wskazane poniżej mają charakter założeń transakcyjnych i mogą zostać doprecyzowane w Umowie Sprzedaży. Wnioskodawcy nie oczekują od organu potwierdzenia rynkowego charakteru tych wartości, lecz potwierdzenia prawidłowości modelu ustalenia podstawy opodatkowania VAT.

Element rozliczenia	Założona kwota	Znaczenie dla rozliczenia VAT
Cena sprzedaży Nieruchomości netto w ujęciu ekonomicznym/cywilnoprawnym	ok. ...mln PLN	Kwota przed VAT, obejmująca Nieruchomość jako przedmiot transakcji cywilnoprawnej.
Wartość Obiektów Nowopowstałych	ok. ...mln PLN	Kwota wyodrębniona w umowie albo załączniku; nieobjęta podstawą opodatkowania VAT z uwagi na brak dostawy w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT.
Podstawa opodatkowania VAT planowanej dostawy Nieruchomości	ok. ...mln PLN	Cena netto Nieruchomości pomniejszona o wartość Obiektów Nowopowstałych. Kwota obejmuje wartość pozostałych składników Nieruchomości, w tym Obiektów Modernizowanych, oraz wartość rozliczaną przez potrącenie. Ta część ceny będzie stanowiła podstawę opodatkowania VAT Sprzedającego;
VAT według stawki 23%	ok. ...mln PLN	Kwota VAT do wykazania na fakturze Sprzedającego, przy założeniu zastosowania stawki podstawowej.
Wartość nakładów Nabywcy rozliczana przez potrącenie	ok. ...mln PLN	Rozliczenie wierzytelności Nabywcy dotyczącej nakładów. Zgodnie z Interpretacją VAT nie stanowi usługi ani dostawy, lecz sposób rozliczenia wzajemnych wierzytelności.
Kwota płatna po potrąceniu	ok. ...mln PLN	Kwota płatna gotówkowo nie determinuje samodzielnie podstawy opodatkowania VAT, ponieważ zapłata obejmuje także rozliczenie przez potrącenie.

Sprzedający zamierza wystawić fakturę VAT dokumentującą dostawę Nieruchomości w zakresie podlegającym opodatkowaniu VAT, tj. z podstawą opodatkowania odpowiadającą wartości całej Nieruchomości pomniejszonej o wartość Obiektów Nowopowstałych (tj. będzie również obejmowała wartość Obiektów Modernizowanych). Wartość Obiektów Nowopowstałych nie będzie objęta podstawą opodatkowania VAT i nie będzie dokumentowana fakturą VAT jako czynność opodatkowana.

Wnioskodawcy podkreślają, że podstawa opodatkowania VAT nie będzie ustalana jako sama kwota płacona po potrąceniu. Potrącenie będzie jedynie sposobem uregulowania części ceny. W konsekwencji kwota potrącona z wierzytelnością Nabywcy będzie elementem zapłaty za dostawę Nieruchomości w zakresie, w jakim dotyczy składników objętych dostawą w rozumieniu ustawy o VAT i nie będzie obniżać podstawy opodatkowania.

Po nabyciu Nieruchomości Nabywca będzie wykorzystywał Nieruchomość do prowadzenia działalności gospodarczej opodatkowanej VAT. Nabywca jest i na moment zawarcia Umowy Sprzedaży będzie zarejestrowany jako podatnik VAT czynny.

Pytania

Pytanie 1

Czy prawidłowe jest stanowisko Wnioskodawców, zgodnie z którym - przy uwzględnieniu konkluzji wynikających z Interpretacji VAT - podstawa opodatkowania VAT planowanej dostawy Nieruchomości powinna zostać ustalona jako wartość całej Nieruchomości uzgodniona przez Strony pomniejszona o wartość Obiektów Nowopowstałych, przy czym podstawa ta nie powinna być pomniejszana o wartość Obiektów Modernizowanych, wartość pozostałych nakładów Nabywcy ani o kwotę rozliczaną przez potrącenie wierzytelności?

Pytanie 2

Czy prawidłowe jest stanowisko Wnioskodawców, że Sprzedający powinien udokumentować fakturą VAT wyłącznie dostawę Nieruchomości w części objętej podstawą opodatkowania VAT wskazaną powyżej, bez wystawiania odrębnej noty księgowej dla tej części ceny, natomiast wartość Obiektów Nowopowstałych - jako pozostającą poza zakresem opodatkowania VAT i poza fakturą VAT - może udokumentować notą księgową albo innym dokumentem rozliczeniowym?

Pytanie 3

Czy - jeżeli stanowisko Wnioskodawców w zakresie pytania 1 jest prawidłowe i Sprzedający wystawi na Nabywcę fakturę VAT, o której mowa w pytaniu 1, dokumentującą opodatkowaną VAT dostawę Nieruchomości z podstawą opodatkowania ustaloną jako wartość całej Nieruchomości pomniejszona o wartość Obiektów Nowopowstałych - Nabywcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego VAT wykazanego na tej fakturze oraz prawo do zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy, pod warunkiem wykorzystywania Nieruchomości do wykonywania czynności opodatkowanych VAT oraz niezaistnienia negatywnych przesłanek odliczenia wskazanych w art. 88 ustawy o VAT?

Państwa stanowisko w sprawie

Własne stanowisko Wnioskodawców

Ad 1 i 2

Zdaniem Wnioskodawców, prawidłowe jest stanowisko, zgodnie z którym podstawa opodatkowania VAT planowanej dostawy Nieruchomości powinna zostać ustalona jako wartość całej Nieruchomości uzgodniona przez Strony, pomniejszona o wartość Obiektów Nowopowstałych oraz o kwotę VAT.

W praktyce oznacza to, że przy założeniu ceny sprzedaży Nieruchomości netto w wysokości ok. ...mln PLN i wartości Obiektów Nowopowstałych w wysokości ok. ...mln PLN, podstawa opodatkowania VAT powinna wynosić ok. ...mln PLN. Podstawa ta powinna obejmować wartość pozostałych składników Nieruchomości, w tym Obiektów Modernizowanych, oraz wartość rozliczaną przez potrącenie wierzytelności. Podstawa ta nie powinna być ustalana wyłącznie według kwoty faktycznie płaconej po potrąceniu.

Wartość Obiektów Nowopowstałych powinna pozostawać poza podstawą opodatkowania VAT, ponieważ - zgodnie z Interpretacją VAT - w odniesieniu do tych Obiektów nie dojdzie do dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT. Kwota odpowiadająca wartości Obiektów Nowopowstałych nie będzie zatem zapłatą za czynność podlegającą opodatkowaniu VAT.

W konsekwencji Sprzedający powinien udokumentować fakturą VAT wyłącznie tę część transakcji, która stanowi odpłatną dostawę towarów w rozumieniu ustawy o VAT, tj. dostawę Nieruchomości z wyłączeniem wartości Obiektów Nowopowstałych. Faktura VAT powinna obejmować podstawę opodatkowania ustaloną zgodnie ze stanowiskiem Wnioskodawców oraz należny VAT.

Dla części ceny objętej fakturą VAT nie powinna być wystawiana odrębna nota księgowa, ponieważ ta sama kwota stanowi zapłatę za czynność opodatkowaną VAT i powinna być dokumentowana fakturą. Nota księgowa nie powinna dublować faktury ani dokumentować tej części sprzedaży, która jest objęta obowiązkiem fakturowania na podstawie przepisów ustawy o VAT.

Odmiennie należy potraktować wartość Obiektów Nowopowstałych. Skoro - zgodnie z Interpretacją VAT - w odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych nie dojdzie do dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, kwota odpowiadająca ich wartości nie powinna być wykazana na fakturze VAT. Kwota ta może zostać wskazana w akcie notarialnym, załączniku do Umowy Sprzedaży albo udokumentowana notą księgową jako element rozliczenia cywilnoprawnego pozostający poza zakresem VAT.

Sprzedający powinien udokumentować fakturą VAT wyłącznie dostawę Nieruchomości w części objętej podstawą opodatkowania VAT wskazaną powyżej, bez wystawiania odrębnej noty księgowej dla tej części ceny, natomiast wartość Obiektów Nowopowstałych - jako pozostającą poza zakresem opodatkowania VAT i poza fakturą VAT - może udokumentować notą księgową albo innym dokumentem rozliczeniowym.

Ad 3

Zdaniem Wnioskodawców, jeżeli Sprzedający wystawi fakturę VAT dokumentującą dostawę Nieruchomości z podstawą opodatkowania określoną zgodnie ze stanowiskiem Wnioskodawców w zakresie pytania 1, Nabywcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z tej faktury oraz prawo do zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy, na zasadach wynikających z art. 86 i art. 87 ustawy o VAT.

Warunki odliczenia będą spełnione, ponieważ Nabywca będzie zarejestrowany jako podatnik VAT czynny, Nieruchomość będzie wykorzystywana przez Nabywcę do działalności opodatkowanej VAT, a faktura będzie dokumentowała transakcję podlegającą opodatkowaniu VAT i niekorzystającą ze zwolnienia w zakresie objętym fakturą. W konsekwencji nie znajdzie zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT.

Uzasadnienie stanowiska Wnioskodawców

1. Zakres niniejszego wniosku na tle dotychczasowych interpretacji

Interpretacja VAT rozstrzygnęła zasadnicze elementy kwalifikacji planowanej transakcji na gruncie VAT. Z perspektywy niniejszego wniosku kluczowe są następujące wnioski organu:

1. sprzedaż Nieruchomości nie będzie zbyciem przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a więc będzie pozostawać w zakresie VAT;

2. w zakresie Działki 1 przedmiotem opodatkowania będzie grunt wraz z Budynkiem i związanymi z nim urządzeniami budowlanymi, z wyłączeniem Obiektów Nowopowstałych;

3. Obiekty Nowopowstałe nie będą przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, gdyż Nabywca dysponuje nimi jak właściciel już przed transakcją;

4. dostawa Budynku i związanych z nim urządzeń budowlanych będzie mogła zostać opodatkowana VAT po rezygnacji ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 10 i ust. 11 ustawy o VAT;

5. Działki 2 i 3 będą opodatkowane VAT jako tereny budowlane i nie będą korzystały ze zwolnienia;

6. rozliczenie nakładów przez potrącenie wierzytelności nie będzie odrębną czynnością opodatkowaną VAT, lecz sposobem rozliczenia wzajemnych wierzytelności Stron.

Dotychczasowa Interpretacja VAT nie zawiera jednak jednoznacznej odpowiedzi na pytanie, jaka kwota powinna stanowić podstawę opodatkowania VAT w opisanym modelu rozliczenia, w szczególności czy należy wyodrębnić i wyłączyć z podstawy opodatkowania wartość Obiektów Nowopowstałych oraz czy kwota rozliczana przez potrącenie może obniżać podstawę opodatkowania. Niniejszy wniosek dotyczy wyłącznie tej kwestii oraz wynikającego z niej prawa Nabywcy do odliczenia VAT.

2. Zasady ustalania podstawy opodatkowania na podstawie art. 29a ustawy o VAT

Zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, z wyjątkiem kwoty VAT. Podstawa opodatkowania obejmuje również m.in. podatki, cła, opłaty i inne należności o podobnym charakterze, z wyjątkiem kwoty VAT, oraz koszty dodatkowe pobierane przez dostawcę od nabywcy.

Dla ustalenia podstawy opodatkowania kluczowe jest więc określenie, jaka zapłata jest należna z tytułu czynności podlegającej VAT. Nie każda kwota objęta rozliczeniem cywilnoprawnym musi stanowić zapłatę za czynność opodatkowaną VAT. Jeżeli określona część rozliczenia dotyczy elementu, który nie jest przedmiotem dostawy towarów ani świadczenia usług w rozumieniu ustawy o VAT, kwota przypisana do tego elementu nie powinna zwiększać podstawy opodatkowania czynności opodatkowanej VAT.

Z kolei art. 29a ust. 8 ustawy o VAT stanowi, że w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu. Przepis ten ma znaczenie dla opodatkowania Działki 1 wraz z Budynkiem, lecz nie zmienia wniosku, że z podstawy opodatkowania VAT należy wyłączyć wartość Obiektów Nowopowstałych, skoro organ w Interpretacji VAT uznał, że Obiekty te nie są przedmiotem dostawy w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT.

3. Wyłączenie wartości Obiektów Nowopowstałych z podstawy opodatkowania VAT

W Interpretacji VAT organ uznał, że pomimo przejścia w ujęciu cywilnoprawnym własności gruntu wraz z naniesieniami, w odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych nie dojdzie do przeniesienia prawa do rozporządzania nimi jak właściciel. Przyczyną jest to, że Obiekty Nowopowstałe zostały w całości wzniesione przez Nabywcę i Nabywca dysponuje nimi ekonomicznie już przed transakcją.

Skoro zatem w odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych nie wystąpi dostawa towarów w rozumieniu ustawy o VAT, kwota odpowiadająca ich wartości nie może stanowić zapłaty za czynność opodatkowaną VAT. Kwota ta nie jest zapłatą za przeniesienie ekonomicznego władztwa nad Obiektami Nowopowstałymi, ponieważ takie władztwo przysługuje Nabywcy już przed transakcją. Kwota ta jest elementem rozliczenia transakcji cywilnoprawnej oraz punktem odniesienia dla rozliczenia PCC, ale nie powinna być włączona do podstawy opodatkowania VAT.

W konsekwencji Sprzedający powinien ustalić podstawę opodatkowania VAT jako wartość całej Nieruchomości ustaloną przez Strony, pomniejszoną o wartość Obiektów Nowopowstałych oraz o kwotę VAT. W ujęciu symbolicznym model ten można przedstawić następująco:

Element	Opis
Podstawa opodatkowania VAT	Cena netto Nieruchomości jako przedmiotu transakcji cywilnoprawnej minus wartość Obiektów Nowopowstałych.
Przy założeniach liczbowych	ok. ...mln PLN minus ok. ...mln PLN = ok. ...mln PLN.
Kwota nieobjęta VAT	Wartość Obiektów Nowopowstałych, tj. zbiornika do instalacji tryskaczowej oraz instalacji tryskaczowej.
Kwota objęta VAT	Wartość pozostałych składników Nieruchomości, w tym Działki 1 z Budynkiem i urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem oraz Działek 2 i 3 jako terenów budowlanych.

Organ nie musi w ramach interpretacji potwierdzać prawidłowości konkretnej wyceny Obiektów Nowopowstałych. Wartości te zostaną ustalone przez Strony w dokumentach transakcyjnych. Przedmiotem pytania jest zasada, zgodnie z którą prawidłowo wyodrębniona wartość Obiektów Nowopowstałych powinna zostać wyłączona z podstawy opodatkowania VAT.

Powyższy wniosek determinuje również sposób dokumentowania transakcji. Zgodnie z art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż dokonywaną na rzecz innego podatnika. Skoro sprzedażą opodatkowaną VAT będzie w analizowanym przypadku wyłącznie dostawa Nieruchomości w części obejmującej składniki inne niż Obiekty Nowopowstałe, faktura VAT Sprzedającego powinna obejmować tylko tę część transakcji, tj. podstawę opodatkowania odpowiadającą wartości całej Nieruchomości pomniejszonej o wartość Obiektów Nowopowstałych.

Wnioskodawcy nie powinni dokumentować tej samej części ceny notą księgową. Nota księgowa nie zastępuje faktury VAT w odniesieniu do czynności opodatkowanej i nie powinna dublować faktury dokumentującej dostawę Nieruchomości w części objętej VAT. Praktycznie oznacza to, że kwota odpowiadająca podstawie opodatkowania VAT powinna zostać wykazana na fakturze Sprzedającego, natomiast nie powinna być jednocześnie wykazywana na odrębnej nocie księgowej jako samodzielne rozliczenie poza VAT.

Jednocześnie wartość Obiektów Nowopowstałych, która zgodnie z przyjętym opisem i Interpretacją VAT pozostaje poza zakresem dostawy towarów, nie powinna być dokumentowana fakturą VAT. W tej części Strony mogą posłużyć się dokumentem innym niż faktura VAT, w szczególności notą księgową albo zestawieniem stanowiącym załącznik do Umowy Sprzedaży. Taki dokument powinien mieć charakter rozliczeniowy i nie powinien wykazywać podatku VAT, ponieważ nie dokumentuje czynności opodatkowanej tym podatkiem.

4. Brak podstaw do pomniejszenia podstawy opodatkowania o nakłady modernizacyjne albo kwotę potrącenia

Odmiennie należy ocenić wartość Obiektów Modernizowanych oraz kwoty rozliczane przez potrącenie. Obiekty Modernizowane nie są odrębnym od dostawy Nieruchomości elementem pozostającym poza VAT. W świetle Interpretacji VAT nakłady poniesione przez Nabywcę na Obiekty Modernizowane nie powodują, że Obiekty te zostają wyłączone z przedmiotu dostawy. Organ uznał jedynie, że nakłady poniesione przez Nabywcę jako najemcę nie stanowią u Sprzedającego ulepszenia środka trwałego w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym i nie wpływają na pierwsze zasiedlenie.

W konsekwencji wartość Obiektów Modernizowanych, w tym wartość prac modernizacyjnych uwzględniona ekonomicznie w cenie Nieruchomości, powinna pozostawać w podstawie opodatkowania VAT. Nie istnieje w tym zakresie analogia do Obiektów Nowopowstałych, ponieważ w odniesieniu do Obiektów Modernizowanych dochodzi do dostawy Nieruchomości w rozumieniu VAT, a ich wartość jest elementem zapłaty za Nieruchomość.

Podstawy opodatkowania VAT nie powinna również obniżać kwota rozliczana przez potrącenie wierzytelności. Potrącenie jest sposobem wykonania zobowiązania pieniężnego i wzajemnego umorzenia wierzytelności, a nie rabatem, obniżką ceny ani okolicznością ograniczającą wysokość zapłaty należnej Sprzedającemu. Z ekonomicznego punktu widzenia Sprzedający otrzymuje zapłatę za dostawę Nieruchomości zarówno w części pieniężnej, jak i poprzez umorzenie wierzytelności Nabywcy z tytułu rozliczenia nakładów. Taka forma zapłaty powinna być uwzględniona w podstawie opodatkowania VAT na zasadzie art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.

Gdyby podstawa opodatkowania została ograniczona jedynie do kwoty pieniężnej płatnej po potrąceniu, nie odpowiadałaby rzeczywistej zapłacie należnej Sprzedającemu z tytułu dostawy Nieruchomości. Taki sposób rozliczenia pomijałby fakt, że część ceny zostaje uregulowana w formie kompensaty, a nie przelewu bankowego. Ustawa o VAT nie uzależnia podstawy opodatkowania od technicznej formy zapłaty.

5. Konkluzja

Prawidłowy model ustalenia podstawy opodatkowania VAT powinien łączyć dwa wnioski wynikające z Interpretacji VAT. Po pierwsze, z podstawy opodatkowania należy wyłączyć wartość Obiektów Nowopowstałych, ponieważ w tej części nie dochodzi do dostawy towarów w rozumieniu VAT. Po drugie, podstawa opodatkowania powinna obejmować całą zapłatę należną Sprzedającemu za pozostałe składniki Nieruchomości, w tym wartość rozliczaną przez potrącenie oraz wartość Obiektów Modernizowanych. W konsekwencji podstawa opodatkowania VAT powinna odpowiadać wartości całej Nieruchomości pomniejszonej wyłącznie o wartość Obiektów Nowopowstałych oraz kwotę VAT. Taka podstawa opodatkowania powinna zostać udokumentowana fakturą VAT wystawioną przez Sprzedającego. W odniesieniu do tej części ceny Strony nie powinny wystawiać noty księgowej. Nota księgowa może natomiast służyć wyłącznie udokumentowaniu wartości Obiektów Nowopowstałych, które zgodnie z Interpretacją VAT nie są objęte dostawą towarów w rozumieniu ustawy o VAT i nie powinny być wykazywane na fakturze VAT.

6. Prawo Nabywcy do odliczenia VAT naliczonego

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Kwotę podatku naliczonego stanowi w szczególności suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług.

Nabywca będzie na moment transakcji czynnym podatnikiem VAT. Nabywca będzie wykorzystywał Nieruchomość do prowadzenia działalności gospodarczej opodatkowanej VAT. Tym samym zostanie spełniony podstawowy warunek materialny prawa do odliczenia, tj. związek nabytej Nieruchomości z czynnościami opodatkowanymi VAT. Jednocześnie, jeżeli Sprzedający wystawi fakturę zgodnie z modelem wskazanym w pytaniu 1, faktura będzie dokumentowała transakcję podlegającą opodatkowaniu VAT i niekorzystającą ze zwolnienia w zakresie kwoty podatku wykazanego na tej fakturze. Nie będzie zatem zachodziła negatywna przesłanka z art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT, zgodnie z którą faktury dokumentujące transakcje niepodlegające opodatkowaniu albo zwolnione od podatku nie stanowią podstawy do odliczenia.

W odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych Sprzedający nie będzie wykazywał VAT na fakturze, ponieważ wartość tych Obiektów będzie wyłączona z podstawy opodatkowania VAT. Tym samym prawo Nabywcy do odliczenia będzie dotyczyć wyłącznie podatku naliczonego wykazanego na fakturze dokumentującej opodatkowaną dostawę pozostałej części Nieruchomości. W tym zakresie faktura będzie prawidłowa, a VAT będzie podlegał odliczeniu na zasadach ogólnych.

W przypadku wystąpienia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym Nabywca będzie uprawniony do obniżenia o tę różnicę podatku należnego za następne okresy albo do zwrotu różnicy na rachunek bankowy, zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT. Wnioskodawcy mają świadomość, że techniczna zasadność zwrotu może podlegać weryfikacji przez właściwy organ podatkowy, jednak okoliczność ta nie zmienia prawa Nabywcy do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z prawidłowo wystawionej faktury.

7. Konkluzja w zakresie pytania 3

Skoro Nabywca będzie wykorzystywał Nieruchomość do czynności opodatkowanych VAT, a faktura wystawiona przez Sprzedającego będzie dokumentowała opodatkowaną VAT dostawę Nieruchomości w zakresie podstawy ustalonej zgodnie z pytaniem 1, Nabywcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wykazanego na tej fakturze oraz do zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy, z zastrzeżeniem zasad ogólnych i braku negatywnych przesłanek z art. 88 ustawy o VAT.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku w zakresie podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z przepisem art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:

Opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, zwanym dalej „podatkiem”, podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.

W myśl art. 7 ust. 1 ustawy:

Przez dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (…).

Zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy:

Podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.

Na podstawie art. 29a ust. 6 ustawy:

Podstawa opodatkowania obejmuje:

1. podatki, cła, opłaty i inne należności o podobnym charakterze, z wyjątkiem kwoty podatku;

2. koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy.

Jak stanowi art. 29a ust. 7 ustawy:

Podstawa opodatkowania nie obejmuje kwot:

1. stanowiących obniżkę cen w formie rabatu z tytułu wcześniejszej zapłaty;

2. udzielonych nabywcy lub usługobiorcy opustów i obniżek cen, uwzględnionych w momencie sprzedaży;

3. otrzymanych od nabywcy lub usługobiorcy jako zwrot udokumentowanych wydatków poniesionych w imieniu i na rzecz nabywcy lub usługobiorcy i ujmowanych przejściowo przez podatnika w prowadzonej przez niego ewidencji na potrzeby podatku.

Ponadto w myśl art. 29a ust. 10 ustawy:

Podstawę opodatkowania obniża się o:

1. kwoty udzielonych po dokonaniu sprzedaży opustów i obniżek cen;

2. wartość zwróconych towarów i opakowań;

3. zwróconą nabywcy całość lub część zapłaty otrzymaną przed dokonaniem sprzedaży, jeżeli do niej nie doszło;

4. wartość zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, o których mowa w ust. 1.

Z art. 29a ust. 1 ustawy wynika, że podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.

Uregulowanie wynikające z art. 29a ust. 1 ustawy, stanowi odpowiednik art. 73 Dyrektywy 2006/112/WE, zgodnie z którym, podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług, od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takiej dostawy lub świadczenia.

Jak stanowi art. 78 Dyrektywy, podstawa opodatkowania obejmuje również podatki, cła, opłaty i inne należności z wyłączeniem podatku VAT. Zgodnie z tym samym przepisem Dyrektywy, podstawa opodatkowania obejmuje dodatkowe koszty, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, którymi dostawca lub usługodawca obciąża nabywcę lub usługobiorcę. Państwa Członkowskie mogą uznać za dodatkowe koszty wydatki będące przedmiotem odrębnej umowy. Przepis ten wyjaśnia, jakie elementy uwzględnia się przy ustalaniu wynagrodzenia, stanowiącego podstawę opodatkowania i wymienia przykładowo kilka rodzajów kosztów mieszczących się w pojęciu podstawy opodatkowania.

Dotyczy on kosztów bezpośrednio związanych z zasadniczą dostawą towarów lub usług, które zwiększają łączną kwotę należną z tytułu transakcji. Zgodnie z tą regulacją każdy koszt bezpośrednio związany z dostawą towarów lub świadczeniem usług, którym dostawca obciążył nabywcę lub klienta, powinien być włączony do podstawy opodatkowania. Zasada włączenia tych świadczeń do podstawy opodatkowania oznacza, że wartości tego typu kosztów, których ciężar przerzucany jest na nabywcę, nie wykazuje się jako odrębnego świadczenia, lecz traktuje, jako element świadczenia zasadniczego, z zastosowaniem stawki podatku właściwej dla świadczenia zasadniczego.

Regulacje dotyczące potrącania wzajemnych wierzytelności zawierają przepisy ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 795) zwanym dalej „Kodeks cywilny”.

Zgodnie z art. 498 § 1 ww. ustawy:

Gdy dwie osoby są jednocześnie względem siebie dłużnikami i wierzycielami, każda z nich może potrącić swoją wierzytelność z wierzytelności drugiej strony, jeżeli przedmiotem obu wierzytelności są pieniądze lub rzeczy tej samej jakości oznaczone tylko co do gatunku, a obie wierzytelności są wymagalne i mogą być dochodzone przed sądem lub przed innym organem państwowym.

Jednocześnie w myśl art. 498 § 2 Kodeksu cywilnego:

Wskutek potrącenia obie wierzytelności umarzają się nawzajem do wysokości wierzytelności niższej.

Powyższe oznacza, że potrącenie wierzytelności jest jedną z form wygaśnięcia zobowiązania w wyniku wykonania świadczenia poprzez umorzenie wzajemnych wierzytelności między stronami. Wygaśnięcie zobowiązania przez potrącenie (kompensata wierzytelności), następuje wówczas, gdy jedna strona jest w stosunku do drugiej dłużnikiem i jednocześnie wierzycielem, tj. ma zarówno wierzytelności, jak i zobowiązania względem drugiej strony. Potrącenie stanowi zatem formę wzajemnej zapłaty za istniejące pomiędzy stronami zobowiązania, co pozwala na traktowanie jej na równi z zapłatą.

W związku z powyższym stwierdzić należy, że w przypadku transakcji potrącenia wzajemnych wierzytelności dochodzi do rozliczenia transakcji, gdzie kompensata stanowi formę zapłaty.

Kluczowa dla konstrukcji podstawy opodatkowania jest analiza pojęcia wynagrodzenia rozumianego jako wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług.

W opisie sprawy, wskazano, że przedmiotem planowanej sprzedaży będą składniki majątku Sprzedającego obejmujące:

1. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 1, obręb ewidencyjny ..., dla której Sąd Rejonowy w ...., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr.... (dalej: "Działka 1");

2. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 2, obręb ewidencyjny ..., dla której Sąd Rejonowy w ...., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr .... (dalej: "Działka 2");

3. prawo własności nieruchomości składającej się z działki ewidencyjnej nr 3, obręb ewidencyjny ...., dla której Sąd Rejonowy w ...., IV Wydział Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgę wieczystą nr .... (dalej: "Działka 3").

Działka 1, Działka 2 i Działka 3 są dalej łącznie określane jako "Nieruchomość" albo "Nieruchomości". Łączna powierzchnia działek wynosi ... m2. Zgodnie z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego zatwierdzonym uchwałą Rady Miejskiej ... z ... r., Nieruchomości położone są na obszarze oznaczonym jako teren usług, składów i magazynów (symbol 5P1). Nieruchomości nie są nieruchomościami rolnymi i nie są oraz nie będą wykorzystywane na cele rolne. Na Nieruchomościach znajdują się naniesienia stanowiące budynki, budowle albo urządzenia budowlane w rozumieniu Prawa budowlanego. Obiekty Nowopowstałe zostały w całości wzniesione przez Nabywcę jako dotychczasowego najemcę Nieruchomości. Nakłady poniesione przez Nabywcę na wzniesienie Obiektów Nowopowstałych nie zostały zwrócone Nabywcy przez Sprzedającego przed planowaną transakcją. W ciągu dwóch lat poprzedzających planowaną sprzedaż Nabywca ponosił nakłady modernizacyjne na Obiekty Modernizowane. Nakłady te nie zostały zwrócone Nabywcy przed planowaną transakcją. Wnioskodawcy złożyli uprzednio wniosek wspólny o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczący planowanej transakcji. W odpowiedzi Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał 7 kwietnia 2026 r. następujące interpretacje indywidualne:

1. interpretację w zakresie podatku od towarów i usług, znak: 0111-KDIB3-2.4012.982.2025.3.AR (dalej: "Interpretacja VAT");

2. interpretację w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych, znak: 0111-KDIB2-2.4014.435.2025.4.PB (dalej: "Interpretacja PCC").

W Interpretacji VAT organ potwierdził, że dostawa Nieruchomości nie będzie stanowiła transakcji zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a zatem będzie pozostawała w zakresie VAT. Organ wskazał również, że w zakresie Działki 1 przedmiotem opodatkowania planowanej sprzedaży będzie prawo własności gruntu wraz z Budynkiem oraz urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem, z wyłączeniem Obiektów Nowopowstałych. W odniesieniu do Obiektów Nowopowstałych organ uznał, że nie będą one przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, ponieważ Nabywca dysponuje tymi obiektami jak właściciel już przed zawarciem Umowy Sprzedaży. Organ wskazał ponadto, że dostawa Budynku wraz z urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem będzie korzystała ze zwolnienia od VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, przy czym Strony mogą zrezygnować z tego zwolnienia po spełnieniu warunków z art. 43 ust. 10 i ust. 11 ustawy o VAT. Organ uznał także, że Działki 2 i 3 należy dla celów VAT traktować jako grunty niezabudowane stanowiące tereny budowlane, a ich dostawa nie będzie korzystała ze zwolnienia od VAT i będzie opodatkowana VAT według właściwej stawki. W Interpretacji VAT organ potwierdził również, że w zakresie, w jakim dostawa Nieruchomości będzie faktycznie opodatkowana VAT i nie będzie korzystała ze zwolnienia, po otrzymaniu prawidłowo wystawionej faktury dokumentującej tę dostawę Nabywcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego na zasadach ogólnych. Jednocześnie organ uznał, że rozliczenie nakładów poniesionych przez Nabywcę na Nieruchomość w drodze potrącenia wierzytelności nie będzie stanowiło odpłatnej dostawy towarów ani odpłatnego świadczenia usług w rozumieniu ustawy o VAT. Strony zamierzają zawrzeć umowę sprzedaży Nieruchomości. Przed dniem podpisania Umowy Sprzedaży albo w akcie notarialnym dokumentującym Umowę Sprzedaży Strony złożą zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania VAT w zakresie, w jakim dostawa Działki 1 wraz z Budynkiem i urządzeniami budowlanymi związanymi z Budynkiem korzystałaby ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Strony planują ustalić cenę sprzedaży Nieruchomości w taki sposób, aby w Umowie Sprzedaży albo w załączniku do tej umowy wyodrębnić wartość Obiektów Nowopowstałych. Wyodrębnienie to będzie odzwierciedlać fakt, że w świetle Interpretacji VAT Obiekty Nowopowstałe nie będą przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, lecz będą objęte transakcją wyłącznie w ujęciu cywilnoprawnym jako części składowe gruntu. Sprzedający zamierza wystawić fakturę VAT dokumentującą dostawę Nieruchomości w zakresie podlegającym opodatkowaniu VAT, tj. z podstawą opodatkowania odpowiadającą wartości całej Nieruchomości pomniejszonej o wartość Obiektów Nowopowstałych (tj. będzie również obejmowała wartość Obiektów Modernizowanych). Wartość Obiektów Nowopowstałych nie będzie objęta podstawą opodatkowania VAT i nie będzie dokumentowana fakturą VAT jako czynność opodatkowana. Wnioskodawcy podkreślają, że podstawa opodatkowania VAT nie będzie ustalana jako sama kwota płacona po potrąceniu. Potrącenie będzie jedynie sposobem uregulowania części ceny. W konsekwencji kwota potrącona z wierzytelnością Nabywcy będzie elementem zapłaty za dostawę Nieruchomości w zakresie, w jakim dotyczy składników objętych dostawą w rozumieniu ustawy o VAT.

Dla celów podatku VAT bez znaczenia pozostaje sposób uregulowania należności przez nabywcę. Potrącenie wzajemnych wierzytelności stanowi jedynie formę wykonania zobowiązania pieniężnego. Nie wpływa na wysokość wynagrodzenia należnego z tytułu dostawy Nieruchomości, a tym samym nie wpływa na podstawę opodatkowania określoną w art. 29a ust. 1 ustawy.

Zarówno zapłata pieniężna, jak i rozliczenie poprzez kompensatę wzajemnych wierzytelności stanowią formę spełnienia świadczenia przez nabywcę. W konsekwencji podstawą opodatkowania pozostaje całe wynagrodzenie należne z tytułu sprzedaży Nieruchomości.

Przyjęty przez strony sposób wzajemnego rozliczenia należy traktować jako potrącenie dwóch wierzytelności, tj. należności, które nie stanowią opustów ani obniżek cen, uwzględnionych po dokonaniu sprzedaży wskazanych w art. 29a ust. 10 pkt 1.

W konsekwencji, sposób uregulowania należności pozostaje bez wpływu na określenie podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Jeżeli, potrącenie będzie jedynie sposobem uregulowania części ceny i kwota potrącona z wierzytelnością Nabywcy będzie elementem zapłaty za dostawę Nieruchomości w zakresie, w jakim dotyczy składników objętych dostawą w rozumieniu ustawy o VAT, to potrącenie stanowi jedynie sposób wykonania istniejących zobowiązań pomiędzy stronami. W wyniku potrącenia dochodzi do wzajemnego umorzenia wierzytelności do wysokości wierzytelności niższej, jednak nie wpływa ono na wysokość wynagrodzenia należnego z tytułu dostawy. Podstawą opodatkowania jest cała kwota należna z tytułu dostawy Nieruchomości, niezależnie od tego, czy zostanie ona uiszczona w formie pieniężnej, czy rozliczona poprzez potrącenie wzajemnych wierzytelności. Przy czym należy podkreślić, że wartość Obiektów Nowopowstałych nie będzie objęta podstawą opodatkowania VAT ponieważ nie będą one przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT, dlatego że Nabywca dysponuje tymi obiektami jak właściciel już przed zawarciem Umowy Sprzedaży.

Zatem, Państwa stanowisko w zakresie pytania 1 jest prawidłowe.

Kolejną kwestią budzącą Państwa wątpliwości jest sposób udokumentowania transakcji sprzedaży Nieruchomości.

Zasady dotyczące dokumentowania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług są zawarte w Dziale XI rozdziale 1 ustawy.

Należy podkreślić, że celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział.

Na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy:

Podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.

Przepis art. 106b ust. 2 ustawy stanowi, że:

Podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113 ust. 1 i 9 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3.

W świetle art. 106b ust. 3 ustawy:

Na żądanie nabywcy towaru lub usługi podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą:

1. czynności, o których mowa w ust. 1 pkt 1, jeżeli obowiązek wystawienia faktury nie wynika z ust. 1, z wyjątkiem:

a) czynności, o których mowa w art. 19a ust. 5 pkt 4,

b) czynności, o których mowa w art. 106a pkt 3 i 4,

1a) otrzymanie całości lub części zapłaty przed wykonaniem czynności, o których mowa w ust. 1 pkt 1, jeżeli obowiązek wystawienia faktury nie wynika z ust. 1, z wyjątkiem:

a) przypadku, gdy zapłata dotyczy czynności, o których mowa w art. 19a ust. 1b i ust. 5 pkt 4 oraz art. 106a pkt 3 i 4,

b) wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,

2. sprzedaż zwolnioną, o której mowa w ust. 2, z zastrzeżeniem art. 117 pkt 1 i art. 118

- jeżeli żądanie jej wystawienia zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty.

Jak wynika z przywołanych wyżej przepisów – co do zasady – podatnik VAT jest zobowiązany wystawiać fakturę dokumentującą sprzedaż towarów i usług na rzecz innego podatnika. Generalnie ustawodawca nie nakłada na podatników obowiązku wystawiania faktur dokumentujących sprzedaż zwolnioną od podatku na podstawie przepisów ustawy lub rozporządzeń wykonawczych do niej oraz sprzedaż realizowaną na rzecz podmiotów niebędących podatnikami VAT. Niemniej jednak, stosownie do art. 106b ust. 3 ustawy, na żądanie nabywcy towaru lub usługi podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż zwolnioną, jeżeli żądanie jej wystawienia zostało zgłoszone w przewidzianym przepisem terminie.

Przywołany wyżej przepis art. 106b ust. 1 ustawy wskazuje jednoznacznie, w jakich sytuacjach podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury. Obowiązek ten występuje w sytuacji dokonania sprzedaży, jak również innych czynności wskazanych w tym przepisie.

Należy podkreślić, że celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych. Pełni ona bowiem szczególną rolę dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT. Prawidłowość materialnoprawna faktury zachodzi, jeżeli odzwierciedla ona prawdziwe zdarzenie gospodarcze, czyli w istocie stwierdza fakt sprzedaży określonych towarów lub usług.

Jak wyżej wskazano, zarówno zapłata pieniężna, jak i rozliczenie poprzez kompensatę wzajemnych wierzytelności stanowią formę spełnienia świadczenia przez nabywcę. W konsekwencji podstawą opodatkowania pozostaje całe wynagrodzenie należne z tytułu sprzedaży Nieruchomości.

Zatem, faktura powinna odzwierciedlać pełną wartość transakcji.

Skoro podstawę opodatkowania stanowi cała kwota należna z tytułu sprzedaży Nieruchomości, podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą dostawę na pełną wartość transakcji, niezależnie od tego, że należność zostanie rozliczona w drodze potrącenia wzajemnych wierzytelności.

W analizowanej sprawie należy wskazać, że Sprzedający powinien udokumentować fakturą VAT wyłącznie dostawę Nieruchomości w części objętej podstawą opodatkowania VAT ustaloną w sposób wskazany wyżej w rozstrzygnięciu dotyczącym pytania 1. Tym samym transakcja ta nie powinna być dokumentowa notą księgową.

Wskazać należy, że ustawa oraz przepisy wykonawcze wydane na podstawie jej upoważnienia w żadnym zakresie nie regulują kwestii wystawiania not księgowych. Noty księgowe stanowią dokumenty księgowe na podstawie ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (t. j. Dz. U. z 2023 r. poz. 120), a nie przepisów dotyczących podatku VAT.

Nota księgowa jest dokumentem rozliczeniowym. Stosuje się ją przy dokumentowaniu transakcji, które nie podlegają przepisom ustawy o podatku VAT. Noty księgowe są dokumentami stosowanymi także w przypadku dokonywania wzajemnych rozliczeń pomiędzy powiązanymi jednostkami nieuprawnionymi do wystawiania faktur VAT.

Przepisy krajowe nie określają dokumentu, jakim powinien zostać udokumentowana wartość Obiektów Nowopowstałych, które nie będą przedmiotem dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT. Nie jest tym dokumentem faktura. Przepisy nie wskazują, że nie może nim być np. nota księgowa. Wobec tego, wystawiona nota jest dokumentem, który w świetle regulacji prawnych umożliwi udokumentowanie wartości Obiektów Nowopowstałych.

Tym samym Państwa stanowisko w zakresie pytania 2 jest prawidłowe.

Odnosząc się z kolei do Państwa wątpliwości dotyczących prawa do odliczenia podatku naliczonego, należy wskazać, że zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy:

W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Na mocy art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:

Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:

a) nabycia towarów i usług,

b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

W myśl art. 86 ust. 10 ustawy:

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.

Według art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy:

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w przypadkach, o których mowa w ust. 2 pkt 1 oraz pkt 2 lit. a – powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę lub dokument celny.

Jak stanowi art. 86 ust. 11 ustawy:

Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, 10d i 10e, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, a w przypadku podatnika, o którym mowa w art. 99 ust. 2 i 3, w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.

Z powyższych przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego.

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.

Podkreślić również należy, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Ten ostatni przepis określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy:

Nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Stosownie do art. 88 ust. 4 ustawy:

Obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.

Zgodnie z powyższymi przepisami, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, a transakcja udokumentowana fakturą podlega opodatkowaniu i nie jest zwolniona od podatku.

Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy:

W przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

Zasady dokonywania zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika określone zostały w art. 87 ust. 2-6 ustawy.

Wyjaśnić należy, że przepisy art. 87 ustawy regulują sposób dokonania przez podatnika rozliczenia w sytuacji, gdy w danym okresie rozliczeniowym deklaruje on nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym. Przepisy te umożliwiają otrzymanie przez podatnika rzeczywistego zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Warunkiem, który musi spełnić podatnik, by domagać się zwrotu, jest powstanie w okresie rozliczeniowym różnicy pomiędzy kwotą podatku naliczonego a kwotą podatku należnego. Powyższe wynika z generalnej zasady określonej w przywołanym powyżej art. 87 ust. 1 ustawy.

We wniosku wskazali Państwo, że Nabywca jest czynnym podatnikiem VAT. Nabywca zamierza wykorzystywać Nieruchomość do prowadzenia działalności gospodarczej (opodatkowanej VAT).

Zatem w zakresie, w jakim dostawa Nieruchomości, będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem VAT i nie zostanie zwolniona od opodatkowania tym podatkiem, po otrzymaniu prawidłowo wystawionej faktury potwierdzającej dokonanie ww. dostawy, Nabywcy będzie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu tej dostawy, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy. Tym samym, w sytuacji zaistnienia okoliczności wskazanych w art. 87 ust. 1 ustawy, Nabywca będzie miał również prawo ubiegać się o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy.

Tym samym, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 3 jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.

Tut. Organ informuje, iż wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (zapytania). Inne kwestie przedstawione we wniosku, które nie zostały objęte pytaniami, nie mogą być - zgodnie z art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej - rozpatrzone.

Należy zauważyć, że zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany z przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Zainteresowany ponosi ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego). Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem zdarzenia przyszłego podanym przez Państwa w złożonym wniosku. Biorąc pod uwagę powyższe, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Podkreślić ponadto należy, że ewentualna ocena zasadności zwrotu różnicy podatku VAT leży w kompetencji właściwego dla Nabywcy organu podatkowego tj. Naczelnika Urzędu Skarbowego/Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

· Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego. Z funkcji ochronnej będą mogli skorzystać Ci z Państwa, którzy zastosują się do interpretacji.

· Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeśli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej jest elementem czynności, które są przedmiotem decyzji wydanej:

1. z zastosowaniem art. 119a;

2. w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;

3. z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.

· Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

... (Zainteresowany będący stroną postępowania – art. 14r § 2 Ordynacji podatkowej) ma prawo wnieść skargę na tę interpretację indywidualną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi – t. j. Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”.

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

· w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

· w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a, art. 14b § 1 i art. 14r ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa.